จากการศึกษาพบว่ามีหลายปัจจัยที่ส่งผลต่อผลการฆ่าเชื้อของกระป๋อง เช่น ระดับการปนเปื้อนของอาหารก่อนการฆ่าเชื้อ ส่วนผสมของอาหาร การถ่ายเทความร้อน และอุณหภูมิเริ่มต้นของกระป๋อง
1. ระดับการปนเปื้อนของอาหารก่อนการฆ่าเชื้อ
ตั้งแต่การแปรรูปวัตถุดิบไปจนถึงการฆ่าเชื้อในกระป๋อง อาหารจะต้องเผชิญกับการปนเปื้อนของจุลินทรีย์ในระดับที่แตกต่างกัน ยิ่งอัตราการปนเปื้อนสูงเท่าใด และเวลาที่ใช้ในการฆ่าเชื้อที่อุณหภูมิเดียวกันก็จะนานขึ้นเท่านั้น
2. ส่วนผสมอาหาร
(1) อาหารกระป๋องประกอบด้วยน้ำตาล เกลือ โปรตีน ไขมัน และอาหารอื่นๆ ที่สามารถส่งผลต่อความทนทานต่อความร้อนของจุลินทรีย์
(2) อาหารที่มีความเป็นกรดสูงโดยทั่วไปจะได้รับการฆ่าเชื้อที่อุณหภูมิต่ำกว่าและใช้เวลาสั้นกว่า
3. การถ่ายเทความร้อน
เมื่อทำการให้ความร้อนเพื่อฆ่าเชื้ออาหารกระป๋อง โหมดหลักของการถ่ายเทความร้อนคือการนำและการพาความร้อน
(1) ประเภทและรูปร่างของภาชนะบรรจุอาหารกระป๋อง
กระป๋องเหล็กบางเคลือบดีบุกถ่ายเทความร้อนได้เร็วกว่ากระป๋องแก้ว และกระป๋องขนาดเล็กถ่ายเทความร้อนได้เร็วกว่ากระป๋องขนาดใหญ่ กระป๋องที่มีปริมาตรเท่ากัน กระป๋องแบนถ่ายเทความร้อนได้เร็วกว่ากระป๋องขนาดสั้น
(2) ประเภทของอาหาร
การถ่ายเทความร้อนของอาหารเหลวจะเร็วกว่า แต่อัตราการถ่ายเทความร้อนของน้ำตาล น้ำเกลือ หรือของเหลวแต่งกลิ่นรสจะเพิ่มขึ้นและลดลงตามความเข้มข้นของสารดังกล่าว อัตราการถ่ายเทความร้อนของอาหารแข็งจะช้า การถ่ายเทความร้อนของกระป๋องขนาดใหญ่และความหนาแน่นของกระป๋องจะช้า
(3) รูปแบบหม้อฆ่าเชื้อและกระป๋องในหม้อฆ่าเชื้อ
การฆ่าเชื้อแบบหมุนมีประสิทธิภาพมากกว่าการฆ่าเชื้อแบบคงที่ และใช้เวลาน้อยกว่า การถ่ายเทความร้อนค่อนข้างช้าเนื่องจากกระป๋องในหม้อฆ่าเชื้อจะเคลื่อนออกจากท่อทางเข้าเมื่ออุณหภูมิในหม้อยังไม่สมดุล
(4) อุณหภูมิเริ่มต้นของกระป๋อง
ก่อนการฆ่าเชื้อ ควรเพิ่มอุณหภูมิเริ่มต้นของอาหารในกระป๋อง ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญสำหรับกระป๋องที่ไม่เกิดการพาความร้อนและการถ่ายเทความร้อนช้าได้ง่าย