จากการศึกษาพบว่า มีหลายปัจจัยที่ส่งผลต่อผลการฆ่าเชื้อของกระป๋อง เช่น ระดับการปนเปื้อนของอาหารก่อนการฆ่าเชื้อ ส่วนผสมของอาหาร การถ่ายเทความร้อน และอุณหภูมิเริ่มต้นของกระป๋อง
1. ระดับการปนเปื้อนของอาหารก่อนการฆ่าเชื้อ
ตั้งแต่การแปรรูปวัตถุดิบไปจนถึงการฆ่าเชื้อในกระป๋อง อาหารจะต้องผ่านการปนเปื้อนของจุลินทรีย์ในระดับต่างๆยิ่งมีอัตราการปนเปื้อนสูงและใช้เวลาในการฆ่าเชื้อนานขึ้นที่อุณหภูมิเดียวกัน
2. ส่วนประกอบอาหาร
(1) อาหารกระป๋องประกอบด้วยน้ำตาล เกลือ โปรตีน ไขมัน และอาหารอื่นๆ ที่อาจส่งผลต่อการทนความร้อนของจุลินทรีย์
(2) อาหารที่มีความเป็นกรดสูงมักผ่านการฆ่าเชื้อที่อุณหภูมิต่ำและใช้เวลาสั้นกว่า
3. การถ่ายเทความร้อน
เมื่อให้ความร้อนแก่การฆ่าเชื้อของสินค้ากระป๋อง โหมดหลักของการถ่ายเทความร้อนคือการนำความร้อนและการพาความร้อน
(1) ชนิดและรูปทรงของภาชนะบรรจุกระป๋อง
กระป๋องเหล็กเนื้อบางสามารถถ่ายเทความร้อนได้เร็วกว่ากระป๋องแก้ว และกระป๋องเล็กจะถ่ายเทความร้อนได้เร็วกว่ากระป๋องขนาดใหญ่กระป๋องปริมาตรเท่ากัน กระป๋องแบนกว่า กระป๋องสั้น ถ่ายเทความร้อนได้เร็วกว่า
(2) ประเภทของอาหาร
ของเหลวถ่ายเทความร้อนของอาหารได้เร็วกว่า แต่ของเหลวที่เป็นน้ำตาล น้ำเกลือ หรือของเหลวปรุงแต่งรสมีอัตราการถ่ายโอนความร้อนเพิ่มขึ้นและลดลงด้วยความเข้มข้นอัตราการถ่ายเทความร้อนของอาหารแข็งช้าการถ่ายเทความร้อนของบล็อกกระป๋องขนาดใหญ่และความแน่นของกระป๋องเป็นไปอย่างช้าๆ
(3) รูปแบบหม้อฆ่าเชื้อและกระป๋องในหม้อฆ่าเชื้อ
การฆ่าเชื้อแบบหมุนมีประสิทธิภาพมากกว่าการฆ่าเชื้อแบบคงที่ และใช้เวลาสั้นกว่าการถ่ายเทความร้อนค่อนข้างช้าเนื่องจากกระป๋องในหม้อฆ่าเชื้อห่างจากท่อทางเข้าเมื่ออุณหภูมิในหม้อไม่สมดุล
(4) อุณหภูมิเริ่มต้นของกระป๋อง
ก่อนการฆ่าเชื้อ ควรเพิ่มอุณหภูมิเริ่มต้นของอาหารในกระป๋อง ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญสำหรับกระป๋องที่ไม่เกิดการพาความร้อนได้ง่ายและถ่ายเทความร้อนได้ช้า